1888年秋、ロンドン。医師のヘンリー・ジキルは、セント・ジュード病院の最高理事会に臨んだ。長年研究を続けてきた、「人間の善と悪を分離する薬」の人体実験の許可をえるためだった。すべては精神のコントロールを失った父を救うため。ひいては人類の幸せと科学の発展にも寄与できるとジキルは確信するが、婚約者エマの父ダンヴァース卿、そして友人のアターソンから死神よりも危険な理論だと忠告される。二人の危惧は的中。上流階級の面々が集う理事会で、ジキルの要求はほとんど一方的に却下された。

その夜、リージェント・パーク地区のダンヴァース卿邸では、ジキルとエマの婚約パーティが開かれた。出席者である理事会のメンバーは、この婚約を快く思ってはいない。そのひとり、秘書官のストライドはエマに結婚を考え直すように迫るが、エマとジキルは強い愛情の絆で結ばれていた。

上流階級のパーティから逃れ、ジキルはアターソンに誘われるまま、カムデン・タウンにある娼館を兼ねたいかがわしいパブ「どん底」を訪れる。そこには、娼婦ルーシーがいた。「仕事をしている自分と、ほんとの自分を分けている」との彼女の言葉に、ジキルは「別の自分になる」という解決策を見出す。
ハーレー・ストリートの自宅に戻ったジキルは、研究室で自ら開発した薬を服用。ほどなく体に異変が起こる。頭痛、恍惚感、痛みが全身を貫き、呼吸困難に…。ジキルの心と体は、エドワード・ハイドに変わった。「自由だ！」--ハイドは叫び、ロンドンの闇の中へ出てゆく。

それから１週間。ジキルはエマやアターソンとも会おうとはしなかった。ある日、ルーシーの体の傷を治療した彼は、加害者がハイドであることを知り、愕然とする。そして起こる連続殺人。理事会のメンバーが次々に惨殺されていった。エマとの結婚式が近づく中、ジキルは、ハイドをほとんど制御できなくなってゆくのを感じていた。アターソンにすべてを打ち明けた彼は、ルーシーの身を案じ、「ロンドンからすぐに立ち去るように」との手紙を託すのだった…。